Un programa de auditoría establece los acuerdos para un conjunto de una o más auditorías planificadas para un periodo de tiempo determinado y dirigidas hacía un propósito en específico. Este programa es elaborado por el área de Auditoría General y la Oficina de Gestión de Calidad y en él se definen el objetivo, el alcance, los riesgos, criterios, recursos y actividades de las auditorías.

El programa de auditoría decanta en un plan de auditorías anual en el que se detallan las actividades y los detalles acordados de una auditoría. El plan es divulgado cada año a las áreas que reciben las auditorías con el fin de que todos los involucrados estén informados sobre la fecha, horario, criterios y el/la auditor/a interno asignado.